V čele Českého statistického úřadu stojí předseda, kterého na návrh vlády jmenuje a odvolává prezident republiky. S funkcí předsedy Českého statistického úřadu je neslučitelné členství v politické straně nebo politickém hnutí. Předsedovi Českého statistického úřadu náleží plat a další náležitosti související s výkonem jeho funkce ve stejném rozsahu jako prezidentovi Nejvyššího kontrolního úřadu podle zvláštního zákona2h<>).