Pokuty uložené inspekcí za porušení povinností podle ustanovení hlavy II vybírají a vymáhají celní úřady a jsou z 50 % příjmem Státního fondu životního prostředí České republiky a z 50 % příjmem obcí, na jejichž území k porušení povinnosti došlo.Osobě podle § 3 odst. 10, která nevykoupí množství biopaliv v rozsahu svého podílu na trhu s palivy, uloží Česká obchodní inspekce pokutu až do výše 5 000 000 Kč za nevykoupené množství biopaliv.