Funkci platebního a zúčtovacího agenta systému dorovnávání úrokových rozdílů zajišťuje exportní banka. Ministerstvo financí každoročně poskytuje exportní bance na úhradu dorovnávání úrokových rozdílů finanční prostředky ve formě zálohy ve výši 250 000 000 Kč. Poklesne-li výše zálohy úhradami z titulu dorovnání úrokových rozdílů pod částku 100 000 000 Kč, exportní banka je oprávněna požádat Ministerstvo financí o dorovnání do částky 250 000 000 Kč. Ministerstvo financí navýší zálohu do 20 dnů od obdržení žádosti exportní banky. Exportní banka převádí Ministerstvu financí částku převyšující 250 000 000 Kč z titulu přebytku úrokových rozdílů do 20 dnů od dne, kdy zůstatek zálohy přesáhne částku 500 000 000 Kč. Převáděná částka Ministerstvu financí z titulu přebytku úrokových rozdílů je příjmem státního rozpočtu.