Ministerstvo provede zápis školské právnické osoby do rejstříku v případě, že zároveň povolí zápis školy nebo školského zařízení do rejstříku škol a školských zařízení, nebo v případě uvedeném v odstavci 2 zápis změny v rejstříku škol a školských zařízení; uvedené se obdobně vztahuje na případy, kdy zápis školy nebo školského zařízení do rejstříku škol a školských zařízení povolil krajský úřad. V opačném případě ministerstvo žádost zamítne.