V zařízeních ozbrojených sil a ozbrojených bezpečnostních sborů v působnosti Ministerstva obrany, Ministerstva vnitra, Ministerstva spravedlnosti a Ministerstva financí, v zařízeních Národního bezpečnostního úřadu a Bezpečnostní informační služby, kde by výkonem kontroly mohlo dojít k ohrožení utajovaných skutečností, může být kontrola prováděna jen se souhlasem příslušného ministerstva a v zařízeních Národního bezpečnostního úřadu a Bezpečnostní informační služby jen se souhlasem jejich ředitele.