Protokol podepisují po seznámení se s ním všechny osoby, které se jednání nebo provedení úkonu zúčastnily, včetně pracovníků správce daně. Není-li protokol hlasitě diktován, je nutno jej před podepsáním hlasitě přečíst a zapsat v něm, že se tak stalo a dále uvést, co bylo před podpisem protokolu opraveno nebo jinak změněno. Přeškrtnutá místa musí zůstat čitelná. Po vyznačení všech návrhů, námitek, oprav či změn musí být protokol schválen a jednání skončeno. Odepření podpisu, důvody tohoto odepření a námitky proti obsahu protokolu se v něm zaznamenají. Bezdůvodné odepření podpisu nemá vliv na důkazní moc protokolu. Na to je třeba osobu odepírající podpis upozornit. Vzdálila-li se osoba na jednání zúčastněná před podpisem protokolu, nutno tuto okolnost v protokolu zaznamenat s uvedením důvodu.