Jako důkazních prostředků lze užít všech prostředků, jimiž lze ověřit skutečnosti rozhodné pro správné stanovení daňové povinnosti a které nejsou získány v rozporu s obecně závaznými právními předpisy. Jde zejména o různá podání daňových subjektů (přiznání, hlášení, odpovědi na výzvy správce daně apod.), o svědecké výpovědi a znalecké posudky, veřejné listiny, zprávy o daňových kontrolách, protokoly a úřední záznamy o místním šetření a ohledání, povinné záznamy vedené daňovými subjekty a doklady k nim apod. Pokud ohledání nebylo možno provést v rámci místního šetření nebo daňové kontroly, provede se u správce daně. Je-li předmětem dokazování daň zaplacená v zahraničí prokazuje se úředně ověřeným platebním výměrem. Jednotlivé skutečnosti rozhodné pro daňové řízení se prokazují v rámci důkazního řízení. Provedené důkazní řízení pak osvědčí, které z předložených důkazních prostředků se staly skutečně důkazem.