Fond zřídí pro jednotlivé komodity zařazené do organizace trhu komoditní odborné výbory složené ze zástupců nevládních institucí sdružujících zemědělce a zástupců nevládních institucí sdružujících odběratele zemědělských produktů, které jsou oprávněny předkládat prezidiu odborná stanoviska k organizaci trhu. Zřízení komoditních odborných výborů, způsob výběru členů, počet, práva a povinnosti členů, způsob hlasování a zánik těchto výborů upraví statut Fondu. Stanoviska těchto komoditních výborů předložená prezidiu slouží jako podklad pro rozhodování a musí být prezidiem projednána. Členové komoditních výborů vykonávají tuto činnost bezplatně.