Řízení o uložení pokuty zahájí jen jeden z orgánů uvedených v § 116, a to ten, který jako první zjistil porušení povinností. O zahájení řízení se uvedené orgány vzájemně informují. Pokud porušení povinností zjistil okresní úřad a Česká inspekce životního prostředí ve stejný den, rozhodne o uložení pokuty okresní úřad. K přezkoumání rozhodnutí České inspekce životního prostředí o uložení pokuty v odvolacím řízení je příslušné Ministerstvo životního prostředí.