Nadační fond se zrušuje rozhodnutím správní rady po předchozím souhlasu jeho zřizovatele, jestliže se majetek nadačního fondu vyčerpal a nadační fond tak nemůže plnit účel, pro který byl zřízen. Není-li zřizovatel a jeho práva stanovená tímto zákonem, nadační listinou nebo statutem nadačního fondu nepřešla na právního nástupce, rozhodne o zrušení nadačního fondu pro nedostatek majetku soud na návrh správní rady nebo osoby, která osvědčí právní zájem na tomto rozhodnutí.