K plnění úkolů v rámci své působnosti může organizační složku podle tohoto zákona jménem státu zřídit i ministerstvo (dále jen „zřizovatel“). Pro tyto účely zřizovatel použije majetek státu, se kterým je příslušný hospodařit (§ 9) on sám anebo jiná organizační složka jím zřízená. Ke zřízení organizační složky je třeba předchozího souhlasu Ministerstva financí. O zřízení rozhoduje zřizovatel opatřením (§ 20), jehož součástí je zřizovací listina. Takto zřízená organizační složka je vždy účetní jednotkou.