Orgány Rady pro výzkum a vývoj jsou předseda a předsednictvo. Předsedou Rady pro výzkum a vývoj je člen vlády. Předsedu Rady pro výzkum a vývoj jmenuje a odvolává vláda na návrh předsedy vlády. Předsednictvo Rady pro výzkum a vývoj tvoří předseda Rady pro výzkum a vývoj a tři místopředsedové volení z členů Rady pro výzkum a vývoj. Předsednictvo řídí činnost Rady pro výzkum a vývoj mezi jejími zasedáními a koordinuje činnost odborných komisí jako poradních orgánů Rady pro výzkum a vývoj, které připravují návrhy dlouhodobých základních směrů a proporcí rozvoje výzkumu a vývoje České republiky.