Kontrolní protokol obsahuje zejména popis zjištěných skutečností s uvedením nedostatků a označení ustanovení právních předpisů, které byly porušeny, a opatření, která byla uložena k nápravě, a stanovení lhůt, do kdy je třeba je učinit. V kontrolním protokolu se uvádí označení Úřadu a jména kontrolujících na kontrole zúčastněných, označení kontrolovaného, místo a čas provedení kontroly, předmět kontroly, skutečný stav, označení dokladů a ostatních dokumentů a zjištění, o které se protokol opírá. Kontrolní protokol podepisují kontrolující, kteří se kontroly zúčastnili.